细菌是具有环状双链 DNA 的微生物（少数Streptomyces（链霉菌属）除外），且具有细胞壁（支原体种除外）。大多数细菌生活在细胞外，但有些细菌优先在细胞内生存和复制。
专性细胞内病原体只能在宿主细胞内生长、繁殖和引起疾病。这些病原体的例子包括 衣原体 和 立克次体。
兼性细胞内病原体能够在宿主细胞内外生存和繁殖。这些病原体的例子包括 伤寒沙门氏菌、布鲁氏菌、土拉弗朗西斯菌、淋病奈瑟菌、脑膜炎奈瑟菌、军团菌、李斯特菌和结核分枝杆菌。
许多细菌作为正常菌群存在于人体内，通常数量大，且在体内许多部位存在（如在胃肠道和皮肤）。其中仅小部分是人类的致病菌。
可以根据以下标准将细菌进行分类（参考表常见病原菌的分类）。
形态学
染色
包膜
需氧性
形态学细菌可能是
圆柱形（杆菌）
球状（球菌）
螺旋（螺旋体）
少数球菌、多数杆菌以及大部分螺旋体是能动的。
染色鉴别普通细菌最常用的染色法为革兰染色。革兰阳性菌在经过碘固定、乙醇脱色和番红复染后能保留紫色的染料结晶（表现为深蓝色），革兰阴性菌则不能保留紫色结晶，呈现红色。革兰阴性菌多一层含脂多糖（内毒素）的外膜，增加了这些细菌的毒力和抗生素耐药性。（其他增强细菌的致病性的因素见促进微生物入侵的因素）。
齐尔-尼尔森染色和金永染色是抗酸染色，主要用于鉴定分枝杆菌，尤其是M. tuberculosis（结合分岐杆菌）。它们还可以鉴定革兰阳性杆菌 诺卡菌 和原生动物 隐孢子虫、环孢子虫以及囊孢子球虫病。石炭酸复红试剂初染，之后用盐酸和乙醇进行脱色，并且用亚甲基蓝进行复染色。
荧光染色（例如，金胺-罗丹明）也可鉴定抗酸生物体，但此染色法需要特殊的荧光显微镜。
（也可以看看 显微镜。）
包膜一些细菌由荚膜包围，对于一些有荚膜的细菌（如， 肺炎链球菌, 流感嗜血杆菌），荚膜的存在可阻止吞噬细胞对细菌的吞噬。包膜增加了细菌的毒力。
需氧性需氧菌 （专性需氧）在培养基中生长和产能需要氧气。它们利用细胞有氧呼吸作用产生能量。
厌氧菌（专性厌氧）则不需要氧气，在有空气存在的培养基中无法生长。它们通过发酵或者无氧呼吸来产生能量。厌氧菌通常位于胃肠道内、阴道内、牙缝中以及血供受损的慢性伤口内。
兼性菌可以在有氧或无氧的环境中生长。它们在缺乏氧气时通过发酵或无氧呼吸产生能量，而在有氧的情况下通过有氧细胞呼吸作用产生能量。 微量需氧菌更适合在减少氧浓度的环境下（如2%～10%）生存。
微需氧细菌可以在氧气缺乏的环境中生长。例子包括 Campylobacter 物种和 Helicobacter pylori。
专性细胞内寄生虫， 例如衣原体，从宿主细胞获取能量，而不是自己产生能量。
表格常见致病菌的分类表格 常见致病菌的分类
常见致病菌的分类 类型
细菌
专性需氧菌
革兰阴性球菌
Moraxella catarrhalis
Neisseria gonorrhoeae,* N. meningitidis*
革兰阳性杆菌
Corynebacterium jeikeium
抗酸杆菌
Mycobacterium avium 复合群, M. kansasii, M. leprae, M. tuberculosis
Nocardia（诺卡氏菌）种
非发酵革兰氏阴性杆菌，非肠杆菌目（原肠杆菌科）
Acinetobacter calcoaceticus
伊丽莎白王国脑膜炎 （旧称脑膜败血性黄杆菌）
铜绿假单胞菌,* P. alcaligenes（产碱假单胞菌）, 其他 Pseudomonas（假单胞菌）种
Stenotrophomonas maltophilia
营养要求高的革兰阴性球杆菌和杆菌
布鲁氏菌属
Bordetella（百日咳杆菌）属
Francisella（弗朗西斯菌）属
军团菌属
螺旋体科（螺旋菌）
钩体属
专性厌氧菌
革兰阴性杆菌
Bacteroides fragilis（脆弱拟杆菌）种，其他 拟杆菌种
Fusobacterium梭形杆菌属
Prevotella（普雷沃氏菌）属
革兰阴性球菌
Veillonella属
革兰阳性球菌
Peptococcus niger
消化链球菌属
无芽孢革兰阳性杆菌
Actinomyces（放线菌属）zhong
Bifidobacterium（双歧杆菌）属
Eubacterium（真杆菌属）种
Cutibacterium (棒状杆菌属) （旧称Propionibacterium（原丙酸杆菌属）菌种)
产生内生孢子的革兰阳性杆菌
肉毒杆菌、产气荚膜杆菌、破伤风梭菌、其他梭菌属
兼性厌氧菌
革兰阳性球菌，过氧化氢酶阳性
金黄色葡萄球菌（凝固酶阳性），表皮葡萄球菌（凝固酶阴性），其他凝固酶阴性的葡萄球菌
革兰阳性球菌，过氧化氢酶阴性
Enterococcus faecalis, E. faecium
Streptococcus agalactiae （无乳链球菌）（B组链球菌）、S. bovis（牛链球菌）、S. pneumoniae（肺炎链球菌）、S. pyogenes（化脓性链球菌）（A组链球菌）、viridans group streptococci（草绿色链球菌群）（S. mutans[变形链球菌]、S. mitis[缓症链球菌]、S. salivarius[唾液链球菌]、S. sanguis[血链球菌]）、S. anginosus（咽峡炎链球菌）群（S. anginosus[咽峡炎链球菌]、S. milleri[米勒链球菌]、S. constellatus[星座链球菌]）
Gemella morbillorum
革兰阳性杆菌
炭疽杆菌
Erysipelothrix rhusiopathiae
加德纳阴道菌 （革兰氏染色不定）
革兰阴性杆菌
肠杆菌目 (Citrobacter（柠檬酸杆菌）种，肠杆菌种、大肠杆菌、Klebsiella（克雷白氏杆菌）种、Morganella morganii（摩根菌）、Proteus（变形杆菌）种、Plesiomonas shigelloides（志贺氏菌）、 Providencia rettgeri（志贺邻单胞菌）、伤寒沙门氏菌、其他Salmonella（沙门氏菌）种、Serratia marcescens（黏质沙雷菌）、志贺菌种、肠结肠炎耶尔森菌、鼠疫耶氏菌)
发酵性非肠杆菌目
Aeromonas hydrophila
Chromobacterium violaceum
Pasteurella multocida
营养要求高的革兰阴性球杆菌和杆菌
Aggregatibacter（聚集杆菌）（原Actinobacillus（放线杆菌））actinomycetemcomitans（（放线菌）
Eikenella corrodens
流感嗜血杆菌，其他Haemophilus（嗜血杆菌）属
支原体
肺炎支原体
微需氧菌
弯曲杆菌
Campylobacter jejuni
幽门螺杆菌
Vibrio cholerae, V. vulnificus
螺旋体科（螺旋菌）
伯氏疏螺旋体
梅毒螺旋体
专性胞内寄生菌
衣原体科
Chlamydia trachomatis, C. psittaci, Chlamydophila pneumoniae
柯克斯体科
贝氏柯克斯体
立克次体目
Rickettsia prowazekii, R. rickettsii, R. typhi
Orientia tsutsugamushi
查菲埃立克体
Anaplasma phagocytophilum
* 尽管这些细菌通常被认为是专性需氧菌，但通过使用亚硝酸盐作为另一种电子受体，它们能够在没有氧气的情况下生长。
* 尽管这些细菌通常被认为是专性需氧菌，但通过使用亚硝酸盐作为另一种电子受体，它们能够在没有氧气的情况下生长。
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