旅行者
在与奇妙的伙伴「派蒙」相遇后，开启了提瓦特大陆的探索之旅…
目的是为了寻找遗失的血亲，为此你决定找到带走她/他的神灵。
「你的故国已经覆灭，宫城万顷也化为尘沙。你是本应该拥有世界，拥抱天地之人。但亡国的末裔啊，请不要悲叹这些逝去的时刻…」[56]「…只要你拥有的高洁与善良不会改变，在新的天地，依然会有最好的伙伴与你同行。此处前方，此刻未来，皆是你的天地。」[57]
「欢迎来到世界。」[58]——K·K
蒙德
风神与魔龙
特瓦林在毒血与深渊法师的影响下迷失、堕落。
再度觉醒时，没有听到好友的琴声，而是深渊法师的低语。它诅咒自己的宿主，没有在最关键的时刻陪伴到自己身边。
特瓦林逐渐化为魔龙而不再是曾今的风龙。甚至沦落到了被骑士团围剿的地步。
你与风神温迪、骑士团团长琴、迪卢克等人一同前往龙巢净化特瓦林，阻止他继续狂暴。
神之心
解决龙灾后回到蒙德城，风神的神之心在此时被愚人众十一执行官之一「女士」夺去
你从温迪口中得知，「神之心」是神明的外置魔力器官，而至冬国的冰之神因不明原因正带领十一执行官搜集神之心。你得知神之眼是凡人的魔力器官，是神明给予凡人的认可，持有神之眼者等同于有登上天空岛成神的资格。之后你前往璃月，为了从下一位神明口中问出血亲的线索参加请仙典仪。
璃月
请仙典仪
岩王帝君死去。
旋涡之魔神「奥赛尔」苏醒
执行官「公子」想得到岩神之心，于是前往藏匿岩神尸体的黄金屋，发现岩神假死后放出封印在孤云阁的魔神奥赛尔，打算逼岩神现身阻止。
但在旅行者、七星、仙人的共同努力之下，将其重新封印。
终结一切契约的「契约」
岩神打算退位，让人们治理璃月，但担心人们无力治理，为了考验自己的人民于是策划一切，让人民对抗复苏的魔神。为了达成此目的，岩神与冰神签订契约，愚人众将促成「考验」的完成。
在契约的最后，岩神将其神之心交给「女士」
戴因斯雷布
你与戴因斯雷布见面，得知他正在追踪深渊教团的踪迹。途中你发现血亲留下的气息…你的血亲曾在深渊教团活跃处出现过。
旅行者
相见
你与戴因不断深入探索着教团据点，并找到了「污秽逆位神像」与「深渊使徒」。原来深渊教团打算将奥赛尔结合「原型机之眼」和污秽逆位神像打造命运的织机，借此动摇天空岛的神座。
于是戴因率先藏匿原型机之眼。期间你得知深渊教团的成员是坎瑞亚的移民，坎瑞亚在500年前因天理的制裁而覆灭，为此深渊教团决定反抗天理。而且自己曾参与坎瑞亚战役——代表你与你血亲被神灵封印的時间是500年前。
你与戴因合力牵制住了「深渊使徒」，占据了上风，眼看就要胜利之时，一道熟悉的身影出现将你们击退。你难以置信地发现，从你们手中救下「深渊使徒」的竟是你苦寻已久的至亲。你得知戴因和你的血亲早已见过面，并且戴因正在对抗深渊。当你还没了解事情始末时，你的血亲离开了。戴因斯雷布追了上去，但你没能追上进入传送门的他们。
稻妻
眼狩令
旅行者前往稻妻，受社奉行大小姐神里绫华的委托对抗眼狩令。
邪眼工厂
海衹军对抗眼狩令取得了压制，但很多人出现了老化现象，而这原因是愚人众暗地里发放劣质邪眼。
你知道事情的真相后，前往邪眼工厂进行破坏，但最终被散兵捉拿，而八重神子为了救你，将神之心交给了「散兵」
御前决斗
你揭露了女士在稻妻的各种罪行，并在御前决斗中将其击败，女士最终被雷电将军斩杀。
之后，当你走出天守阁时，雷电将军突然出现，释放其无想的一刀，而万叶等人及时出现，拦住了这一刀，之后，你与雷电影进行决斗并取得胜利。
在这时，八重神子出现，并与你一同说服了雷电将军，不久后，眼狩令废止。
层岩巨渊
再会
你接受了凯瑟琳的委托，前往层岩巨渊下层进行调查。在巨渊的深处，你看到了一座倒立在空中的城市，并且再度遇到了戴因斯雷布。
过往
你和戴因一同进入城市调查，得知了黑蛇骑士和丘丘人的身世来源：他们都是坎瑞亚移民，被天理诅咒而变成魔物。而身为曾领导黑蛇骑士的宫庭卫队队长戴因是受不死诅咒的坎瑞亚人，和你的血亲曾是旅伴，但后来两人绝裂了。
安魂曲
你的血亲与深渊教团打算透过装置让受诅咒的人民恢复原状，但戴因料到此计划必定失败，还会让受诅咒的人们产生极大痛苦，于是和你破坏掉了深渊教团留下的装置，并且击败了深渊使徒。
最后，戴因独自离去，你则决定继续踏上寻找血亲之路。
须弥
探访
你和派蒙来到了须弥，四处打听「小吉祥草王」的消息。
花神诞祭·筹备
在提纳里的帮助下，你来到了须弥城，并且遇到了小吉祥草王的忠实信徒迪娜泽黛。她将「花神诞祭」这一活动告知给了你。
花神诞祭·轮回
「花神诞祭」终于到来，但你却似乎被永远困在了这一天。最后，在小吉祥草王的帮助下，你成功从梦境中脱身，结束了这一日的轮回。
世界树
「花神诞祭」结束后，你与纳西妲对话，得知了大慈树王留下的讯息和世界树的异样。须弥和教令院的谜团正在一步一步被揭开。
异象
你和借用凯瑟琳身体的纳西妲一起行动，试图查清教令院正在进行的绝密研究。
然而，正当你们将要接近真相之时，愚人众第二席「博士」突然现身于教令院，彻底破坏了你们原有的计划，并且封锁了纳西妲和外界的联系。
深入沙海
你按照小吉祥草王给出的指引前往沙漠地区，并且与诸多伙伴结成了反对教令院的同盟。
意外之下，你进入了赤王遗迹，得知了赤王与大慈树王之间某段不为人知的往事。
水落石出
最终，你彻底厘清了教令院贤者们的阴谋——运用「虚空」的知识以及「神之心」，人为制造新的须弥之神。
为了击垮贤者，拯救神明，你和伙伴们在阿如村集合，开始寻找一切可行的对策。
行动计划
一番讨论过后，大家制定了一套完整且详细的作战计划。经过缜密的准备，你先后与艾尔海森，赛诺，迪希雅等人会合，一步一步执行着预定的作战。
然而，在推进计划的过程中，即将升格为神明的「散兵」再次与你产生了意识连结。你意识到，留给你们的时间不多了。
识藏日
「识藏日」当天，你和艾尔海森潜入教令院，打算在「虚空」终端上做些手脚，不料被大贤者阿扎尔识破，行动也受到了阻挠。
不过，这一切都在计划之中——在妮露等人的协助之下，教令院的守卫力量被悉数调离并击败，你也趁此机会成功救出了「小吉祥草王」。
真神与伪神
当然，事情还远远没有结束。你与纳西妲一起前往「散兵」所在的工坊，准备阻止他的登神计划。
一番苦战过后，你和纳西妲借助梦境的力量击败了「散兵」，并且成功夺回了雷神之心。于是，计划也终于来到了最后一步——借助两个神之心的力量，彻底治愈「世界树」。
「让世界，彻底遗忘我」
你与纳西妲进入了大慈树王最后的记忆之中，并且得知了五百年前的真相——
世界树被禁忌知识所污染，大慈树王为了与禁忌知识对抗，创造了「虚空」装置，用尽力量压制了禁忌知识的蔓延，但自己也受到了禁忌知识的严重污染。
为了根除禁忌知识，大慈树王决定让小吉祥草王彻底抹除掉自己的存在。
——最终，一切再度归于平静。禁忌知识被彻底根除，魔鳞病也随之消失，新的死域也不再出现。只是，那位须弥人所无比敬爱的「神」，却永远消失在了提瓦特的记忆中。
尾声·须弥
然而，你们在最后关头被「博士」摆了一道，雷草两颗神之心全部被愚人众收走。不过，纳西妲也以此为筹码，交换到了极为珍贵的知识。
休养了数日后，你和大家一同参加了十分豪华的庆功宴。次日，你再度前往净善宫，向纳西妲询问了不少消息，也了解了许多不为人知的内幕。
至此，小吉祥草王终于得以亲自治理须弥，你在智慧之国的旅途也暂时告一段落。而旅途的下一个目的地，则是代表「正义」的水之国——枫丹。
卡利贝尔
你在血亲的记忆中与卡利贝尔、深渊教团创始者见面，得知深渊教团创立的原因：一位「罪人」引导克洛达尔•亚尔伯里奇创立教团，之后克洛达尔打算让其子卡利贝尔成为命运的织机，为此他需要用到污秽逆位神像与原型机之眼。后来克洛达尔死亡，死前将深渊教团交由你的血亲继承。
枫丹
关注
芙宁娜的眼线早在你进入喀万驿时就已到位。
裹挟
林尼在表演魔术时意外被怀疑与少女连环失踪案有关。
你为林尼辩护，得到「仆人」的认可。
高潮
人，居然在现场被溶解了？！
持续了二十年的少女连环失踪案或许将迎来尾声？！
犯人究竟是谁呢？敬请期待！
终幕
瓦谢死于被他杀死的少女之手。
意外
那维莱特第一次与谕示机产生分歧。
「公子」被认为与少女连环失踪案有关，被送入梅洛彼得堡。
深水
「公子」失踪。
原始胎海水在梅洛彼得堡爆发，经过那维莱特的镇压得以平息。
你在梦中以「公子」视角看到巨型鲸鱼。
「仆人」和那维莱特均怀疑芙宁娜不具有水神的正常特质。
遗迹
白淞镇发生地震，刺玫会遭受沉重打击，「仆人」前来支援。
娜维娅在迈勒斯和希尔弗的帮助下脱离险境。一行人发现残缺的预言石板。
魔女
魔女N，莫娜与你依次探讨预言内容。
预言…会的哦，一定会发生的，你可以将它视为「未来的历史」。
商讨
你与大家商议如何让芙宁娜说出有用的信息。
自此，旅行者，枫丹高层克洛琳德，刺玫会娜维娅，水龙那维莱特，愚人众仆人，林尼三人，梅洛彼得堡莱欧斯利，美露辛希格雯等各方势力终于团结一致。
水神和审判
芙宁娜接受审判。
「水神」
枫丹人起源于水神以原始胎海水改造的纯水精灵，此过程天理并未准许，即水神所犯罪行。
芙卡洛斯为前代水神厄歌莉娅的眷属，也是纯水化人。
芙宁娜为芙卡洛斯将自己剥离神格后的人类形态，不具有神的性质与神力。芙卡洛斯对其施加长生诅咒，得以活过五百年，在此期间以芙宁娜主导收集「律偿混能」。
芙宁娜并不知道最终的计划，以人形态「扮演」了五百年的神。
「审判」
「律偿混能」收集完毕，芙卡洛斯身死位灭。「水神」神位被摧毁，提瓦特只剩下六位执政。
所有的能量让那维莱特拿回完整的「古龙大权」，那维莱特击败鲸鱼并扭转枫丹人会被溶解的特质。
预言成真，但最终得以解决。枫丹人成为了真正意义上的人。
丝柯克
鲸鱼与「公子」一同被带走处理（教训）。回去练功，三百万回啊三百万回
鲸鱼就是小时候的「公子」唤醒的，这可能是「公子」被判有罪的原因。
尾声
那维莱特将水神之心以「外交赠予」的方式送给「仆人」。
芙宁娜离开沫芒宫，居住于枫丹城内别墅中二环小洋楼。后不久以普通人的身份获得水神之眼。
睡前故事
深渊教团夺走原型机之眼，命运的织机得以完成。卡利贝尔的意识消散。期间你得知了引导克洛达尔·亚尔伯里奇创立深渊教团的「罪人」的身分是戴因的哥哥维瑟弗尼尔，与其他「罪人」的消息。
纳塔的危机（主线剧情）
距离纳塔毁灭 仅剩一年
玛薇卡将自己的意识与力量存入圣火中并在500年后复苏，原本计划是6位继承古名的英雄得到大灵承认，然后她再苏醒直接与深渊对战。但因深渊的干扰计划出错，玛薇卡醒来时还有数人没被承认，但为了不影响这些人的状态她无法直接将此事直接告知他们，只能暗中引导。因为提瓦特的命运早已注定，玛薇卡安排了不受提瓦特命运引响的降临者（旅行者）参与计划。为此，玛薇卡委托希诺宁为旅行者打造古名，这样旅行者将能借助还魂诗复活。
深渊长久以來侵入夜神之国，读取其中的记忆，变得十分狡诈，透过针对性的手法侵略纳塔各处。庇佑纳塔的夜神之国几乎被侵蚀殆尽。
此时「队长」来到纳塔与玛薇卡对质，而烟谜主的一位成员欧洛伦也成为叛徒，为「队长」效力。
内忧外患同时袭来，此时纳塔的地脉已将全面深渊化，距离毁灭仅剩不足一年的时间。[59]
六英杰集结
队长见证过深渊带来的巨大牺牲，因此打算帮助纳塔。他想回避与旅行者一战的场面(基于主角是坎瑞亚殿下的血亲还有他原来的身份)，同时一直关注着火神玛薇卡计划的进展。队长找到旅行者，坦率地说到她选择拯救纳塔的这个计划风险很大，其力量是否真的能够击败深渊。队长最担心过大的责任会让玛薇卡越发无法直面惨痛的事实，最后连启动备选方案的时机都完美错过，所以队长打算使用神之心替他动手。现在队长落败不打算再去打神之心的主意，但队长拯救纳塔的目的没有改变，他找到新的办法，希望旅行者能协助。而欧洛伦也在帮助队长。
夜神之国受损后，内部的灵魂会逸散。这些灵魂无法回归地脉，只能游离在外，其流失会令夜神之国进一步衰败。有的办法是让欧洛伦出生起自身残缺的灵魂吸收，作为载体进入夜神之国再送回强化地脉力量，但这个献祭计划当时失败了。欧洛伦长大后得知自己刚出生时被献祭的事情，认为「如果当时自己被献祭成功的话大家就能得救」，于是认定自己有帮助拯救纳塔的责任。在了解队长的计划后，他加入队长的行列。
与旅行者的会谈因茜特菈莉介入而终止。队长了解这备选计划的方案，即透过神之心抽空整个夜神之国的灵魂与记忆，编织出一张包裹住地脉，抵抗深渊侵蚀的大网。但他想从根源解决深渊问题，他打算重构地脉，于是寻找能重构地脉的古代「秘源机关」。队长当时找来了三位连玛薇卡都不知道的龙遗物学者—阿贝雷瓦、博苏维、奎克特利(实为由盗火贤者假冒），知道了「秘源机关」的事情。重构地脉并不是修补，几乎等同于放弃现有地脉中的一切，会让纳塔人失去记忆历史与文化，甚至导致神智异常，和动用「神之心」付出的代价很相似。玛薇卡于是派人阻止，重构地脉的计划因他们的介入失败，过程中欧洛伦得到大灵的承认，成为六英杰之一。启动的「秘源机关」因其重构地脉的功能同时也唤醒了纳塔的地脉（夜神之国）的掌控者夜神。
「古名」不会记录纳塔之外的经历，也就不会被记录到夜神之国中，无法得到大灵承认的记忆与经历，就无法成为「古名」的材料。为主角打造「古名」，只有夜神能决定。但人们必须通过做梦(出神)与它的意识产生接触。而非纳塔本地人的旅行者无法进行出神仪式前往夜神之国。因此这次唤醒使得回声之子工匠希诺宁直接说服夜神为旅行者打造古名。
之后，深渊的本体「古斯托特」向纳塔发起总攻，期间恰斯卡受到大灵承认成为最后觉醒的六英杰。玛薇卡与六英杰动用若娜瓦的力量暂时击败古斯托特，暂时保下纳塔，并将「虚假之天」打出裂缝。之后玛薇卡打算与旅行者一同直面古斯托特，而队长也请求夜神的协助，为了与死之执政最后一战。[60]
战胜深渊
旅行者的古名「希望」打造完成，玛薇卡与旅行者前往夜神之国直面古斯托特。古斯托特化形成火龙王修库特尔的模样与旅行者和玛薇卡决斗，期间旅行者激活的火元素属性，最终在众多的灵魂和在地面上的纳塔人与夜神和仙灵们的帮助下战胜了古斯托特。
之后，玛薇卡必须向死之执政履行契约支付自己的生命作为使用死之执政力量的代价。夜神在对抗深渊的漫长过程中生命已走到尽头，她打算把生命支付给夜神，让夜神重新获得生命力，但自己也会牺牲。不过玛薇卡提供的生命力也有极限，夜神迟早会死亡，但能帮夜神之国撑一段时间，到时候再想办法。但队长代替了玛薇卡，如愿与夜神融为一体，使夜神得以不死，并改变夜神之国的规则，使其可容纳纳塔人以外人的灵魂，使自己在坎瑞亚的众多部下的灵魂拥有归宿，并以此作为向对他降下不死诅咒的死之执政的复仇。拥有不死诅咒的队长支付的生命使夜神不死。[61]
坎瑞亚的蓝图
命运的织机需要重建坎瑞亚的地脉完成复国，需要坎瑞亚的所有记忆，然尔深渊教团的人因记忆磨损无法达成。于是深渊教团举全兵力攻入坎瑞亚引诱戴因斯雷布出现，再由戴因的熟视仇人哈登诱骗他回想坎瑞亚的过去，导致他的所有关于坎瑞亚的记忆被命运的织机读取，坎瑞亚地脉的蓝图完成了。此事在夜神的帮助下完成的，但夜神向旅行者的血亲谈了某个条件作为代价。坎瑞亚的地脉虽完成却无处存在，旅行者的血亲只得寻找承载坎瑞亚地脉的方法。同时，因伊斯塔露暗中操作，旅行者将自己的飞船休眠舱钥匙给了五百年前的蒂莱尔（旅行者也可以将钥匙收回，但结果是一样的，因为五百年后旅行者的血亲也会受到伊斯塔露的干涉见到蒂莱尔，为了防止收回钥匙导致涟漪效应使世界走向未知的命运使自己的计划（即自己因为被降格了，所以成立深渊教团用一整个世界与天理对抗打算获取与之平等对话的资格恢复降临者身分，和让新坎瑞亚成为自己合适的新的家乡）不能如计划中进行，于是将自己一样的另把钥匙丢给蒂莱尔。旅行者在内心纠结下顺从血亲的计划。）。经历各个事件，旅行者与血亲重逢，问到他/她做的事对我们自己而言有意义吗？旅行者的血亲会答：「从一开始，就只关乎你我」。因此，旅行者的血亲帮助坎瑞亚复国是与旅行者和自己最初旅行的目的相同的，而他们旅行最初的目的是在故国覆灭后找到适合的新的家乡（见双子的旅程），因此旅行者的血亲重建坎瑞亚的目的，大概是为了将重建后的坎瑞亚弄成适合当成自己和旅行者新的家乡的样子。在旅行者的血亲表达自己打算利用整个世界换取与天理平等对话的资格时（即自己因为被降格了，所以成立深渊教团用一整个世界与天理对抗打算获取与之平等对话的资格恢复降临者身分），天理的维系者疑似听到了此对话。之后，旅行者的血亲离开[62]。
挪德卡莱
你来到挪德卡莱，挫败猎月人的复活计划，途中发现自己真正的血亲从未离开飞船。此外，飞船似乎被不明人士隐藏起来[63]。
！